分類學在20世紀末，面臨了一個新的轉折。即使生物學家與保育學家仍舊搶著命名與計算物種，分類學的研究經費與學術上的影響力，卻逐步下降。加拿大分子生物多樣性研究所所長、演化生物學家赫伯特（Paul D. N. Hebert）說：「在熱帶地區長期工作，我已經面臨了多數生物學家感受到的挫折：對生活周遭的生命系統一無所知。」為了避開繁瑣不便的分類工作，赫伯特在2003年提出了一個新的鑑識系統：利用粒線體基因的片段來標示物種。這些所謂的「DNA條碼」（DNA bar code），馬上贏得了大眾的喜愛。也許有一天，研究人員只要帶著像影集「星艦奇航」中的掌上型解碼器，在野外就能進行簡單的DNA檢測。這想法出現後，分類學家大多非難於這種抄捷徑的方式，聲稱這將會破壞為了維持命名的精密與正確，而特意發展出的複雜分類系統。
赫伯特的想法，主要是利用細胞色素c氧化I（cytochrome c oxidase I, COI）基因序列的片段，他聲稱這段DNA序列在每個物種中都不同。赫伯特和同事在去年證明了這個準則：DNA條碼已經能正確預測出許多不同的鳥類和蝴蝶。這些不同的物種，過去都區分不出來。今年2月在倫敦舉行的「生命條碼聯合會議」宣示，他們在未來五年內，將會把所有的鳥類、魚類及哥斯大黎加的開花植物，都貼上「條碼」。而這個踏腳石顯示他們未來有更偉大的目標：發展一種適用於所有生物的基因標籤，並將地球所有的生物編目。（地球上的生物，目前只有1/10的物種是正式認識清楚的）。
英國國立自然史博物館的昆蟲學家惠勒（Quentin D. Wheeler）警告，DNA條碼就像所有的事物一樣，「可以用來揚善，也可以用來做惡」。倘若能有正式的描述以及分類，一個標準化的物種標示方式，的確令人興奮。對惠勒及其他批評者而言，真正阻礙分類學進步的危險，來自於條碼專家更具野心的理想：反過來利用COI條碼，創造出臨時的新種定義。
反對者爭論問題的癥結，在於這個條碼方式太簡化了。美國夏威夷大學瑪諾亞校區的昆蟲學家魯賓諾夫（Daniel Rubinoff）指出：「自然卻是混亂的。」目前定義物種的方式如此多樣，就是因為沒有人知道物種起源的必要條件，而分類學中真正的科學，包含了分析上百個特徵以辨別物種。這也就是為什麼只用DNA條碼來鑑別物種，會如魯賓諾夫所說的：「有如回到黑暗時代。」加州大學柏克萊分校的生物學家密史勒（Brent D. Mishler）也贊同。他認為，把DNA條碼拿來鑑識物種，不但剛愎自用，還破壞了分類學的精密結構。分類學是在演化的背景下，靠著大量的形態學、生態學及遺傳的資料，以建構物種之間的關係。
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